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化石保存需要快速埋藏、矿化或印模等特殊条件；它记录的是概率很低却极其珍贵的生命片段。

多数生物死后被分解或侵蚀。若迅速被沉积物覆盖，硬体部分可能被矿物置换，或留下印痕与足迹。琥珀则可能保存细软组织与行为线索。

硬壳、海洋与低氧环境更易留下化石，陆地软体生物更稀缺。因此化石记录是有偏样本，解释演化时必须谨慎。

地层学与放射性定年把化石放入时间框架；过渡型化石帮助检验演化预测。

把个别未解之谜夸大成“颠覆全部演化”通常忽略了证据的整体一致性。科学靠的是可检验的网络，而非单点奇闻。